九州大学继东京大学和京都大学建立后，九州大学于1911年开始设立，当时只设有九州帝国大学医科大学和九州帝国大学工科大学两个学科。1919年除了根据修改“大学令”，将原有的两分科大学改成医学部 和工学部，又增设了农学部。以后6年间又增设了法文学部、理学部。 
第二次世界大战后日本教育体制进行了彻底的改革，九州帝国大学改为九州大学。不久法文学部一分为三，设立了法学部、文学部、经济学部，并增设了教育学部，同时将福冈高中及久留米工业专科学校并入九州大学。其后，又陆续增设了教养学部、药学部、牙科学部等。1953年九州大学研究生院成立。2000年，为了更好地进行跨专业和院系的教育和研究，创设了“学府、研究院制度”。2004年随着国立大学法人化改革，九州大学也改为国立大学法人九州大学，进一步增强了大学的独立性和自主性。2005年占地275公顷的伊都新校区开始部分投入使用。据2005年的统计，全校共设11个学部、17个学府、16个研究院、3个附属研究所和医院等，在校学生约18,200人、教师和职员分别约2,320和2,150名。截至2006年5月1日，留学九州大学的外国留学生共1141名。 在日本的几项权威调查中，九州大学都拥有良好的评价，其中理工科系尤其出色。九州大学一直致力于更高的学术目标，不仅自身的学术研究不断精进，而且更与外部配合，积极的进行学术交流与研究合作。 
目前，九州大学与38个国家和地区的上百所学校与机构签订了学术交流协议。同时，也积极的推动人员的交流，设立了多项交换学生计划。为了方便留学生学习，九州大学还设立了英文授课的制度。至2006年止，在98个科目实现了以英文授课。　
九州大学的学年始于每年4月1日，直到翌年3月31日结束。前学期为4月～9月，后学期为10月～次年3月。每年有三个假期，分别为：夏假(8月初～9月底)、冬假(12月下旬～1月上旬)、春假(4月初)。此外，九州大学每年10月举行运动会，休假一天；11月下旬举行九大祭，为期5天。 　
本科学制一般为4年，医学、牙医学需要6年；在大学院学习2年，完成博士前期课程，可以取得硕士学位；再学习3年，完成博士后期课程，可以取得博士学位。医学、牙医学研究所(硕士专业除外)在读完本科6年的基础上，再攻读4年，可以直接取得博士学位。